Riaditeľ úradu
- NRÚ - námestník riaditeľa úradu
- KÚ - kancelária úradu
- SOdOP - samostatné oddelenie organizačné a plánovacie
- OZV - odbor zahraničných vzťahov
- OABCR - odbor administratívnej bezpečnosti a centrálneho registra
- OdAB - oddelenie administratívnej bezpečnosti
- OdCR - oddelenie centrálneho registra
- OVB - odbor vnútornej bezpečnosti
- OP - odbor personalistiky
- SP - sekcia previerok
- OPB - odbor personálnej bezpečnosti
- I. OdPB - I. oddelenie personálnej bezpečnosti
- II. OdPB - II. oddelenie personálnej bezpečnosti
- OdAPF - oddelenie aplikovanej psychofyziológie
- OBP - odbor priemyselnej bezpečnosti
- OAEMPP - odbor analytiky, evidencie, metodiky a právnej podpory
- OdAPP - oddelenie analytiky a právnej podpory
- OdEM - oddelenie evidencie a metodiky
- OPB - odbor personálnej bezpečnosti
- SE - sekcia ekonomiky
- SOdFI- samostatné oddelenie finančné
- OMTZ - odbor materiálno-technického zabezpečenia
- SIBEP - sekcia informačnej bezpečnosti a elektronického podpisu
- OŠS - odbor šifrovej služby
- OdSPŠOI - oddelenie správy prostriedkov šifrovej ochrany informácií
- OdCPŠOI - oddelenie certifikácie prostriedkov šifrovej ochrany informácií
- OdMŠS - oddelenie manažmentu šifrovej služby
- OKO - odbor kybernetickej ochrany
- OdA - oddelenie akreditácie
- OdPBI - oddelenie počítačovej bezpečnosti a incidentov
- OFEB - odbor fyzickej a elektronickej bezpečnosti
- OdFOB - oddelenie fyzickej a objektovej bezpečnosti
- OdONEV - oddelenie ochrany pred nežiaducim elektromagnetickým vyžarovaním
- OEP - odbor elektronického podpisu
- OPIS - odbor prevádzky informačných systémov
- OŠS - odbor šifrovej služby
- OLP - odbor legislatívy a práva
- OKSK - odbor kontroly a správneho konania
- OdK - oddelenie kontroly
- OdSK - oddelenie správneho konania
- OIA - odbor informačných analýz
- AU - vnútorný audítor

